Во время миссии по поимке хорька на Сакуру, Шикамару и Наруто нападают неизвестные ниндзя. Наруто, разлучённый со своей группой, узнает о силе, которая не имеет ничего общего с Чакрой, и о древней исчезнувшей цивилизации. После воссоединения со своими товарищами, Наруто вынужден начать борьбу за спасение всего мира ..

События происходят после 196 епидзода в сериале, перед самым началом филеров. Наруто, Какаши, Сакура и Рок Ли получают миссию охранять принца из Земель Луны. Земля Луны отличается своим богатством, так что принц намеривается купить всё, что он встречает попути. И когда по дороге они встречают цирк он покупает там редкого питомца, саблезубого тигра, и всех остальных животных в придачу. Теперь команде придстоит присматривать не только за принцем, но и за оравой животных.

По старым долгам надо платить. И вновь неведомый враг предъявляет Конохе кровавый счет, вновь гибнут люди, и спасение Страны Огня зависит от горстки наших старых знакомых — Наруто, его друзей, учителей и старших товарищей. Едва пережив нападение на Листву, Наруто, Сакура и Хината вместе с целителем Синно и его ученицей Амару направляются на помощь людям приграничной деревни.

Был освобождён древний демон, и если его не запечатать обратно, он разрушит мир. Демон посылает своих приспешников, чтобы убить единственного человека, который способен его запечатать. Но до этого в Конохе узнают о демоне и высылают Наруто, Сакуру, Ли и Неджи, чтобы защитить Шион - монашку, которая может запечатать демона. Еще она может видеть будущие смерти людей, который находятся рядом с ней.

В мире самураев, существуют только два великих воина, их называют Первый и Второй. Первый считается как божество, человек, вызов которому может дать только Второй великий самурай. Второму же, приходится сложнее, каждый может претендовать на его место или же попытаться уничтожить, поэтому жизнь Второго, постоянно находится под опасностью.